FC Brno U21 to czeska drużyna piłkarska z siedzibą w Brnie, która występuje w drugiej lidze czeskiej. Jest młodzieżową drużyną klubu FC Brno. Drużyna została założona w 2000 roku i od tego czasu występuje w drugiej lidze czeskiej. Jej największym sukcesem jest zajęcie 3. miejsca w sezonie 2005/06. W drużynie występowali m.in. Tomáš Necid, Jan Holenda i Václav Klán.